有机化合物的分类主要分为三类：碳水化合物、蛋白质和脂肪。碳水化合物是最常见的一类，其中包括糖和淀粉。蛋白质主要存在于动物体内，而脂肪主要存在于植物体内。除了这三类，还有一些非常见的有机化合物，例如酶和激素。
有机化合物是指以元素碳为基本构成单元的化合物，广义的有机化合物还包括以元素氢为基本构成单元的化合物。常见的有机化合物大多以碳氢化合物为主，如烃类、醇类、酮类、酯类、脂类、醛类、酰胺类、酸类等。除了碳氢化合物，还有一些以其它元素为基本构成单元的有机化合物，如以硫、氯、氟、磷、氧、氮为基本构成单元的有机化合物。