取一粒花生米大小的粪便，放入粪便收集盒。尽量于腹泻时检取，或尽量检取粘液部位，如水便或稀便以塑胶吸管吸取大约1-2 mL。
临床上，未知原因的腹泻可能需要观察粪便寄生虫，其中包含原虫、阿米巴或经由污染的饮食传染之肠道寄生虫。透过显微镜检查虫卵，可提供医师确定诊断寄生虫感染并进行治疗。显微镜下观察阳性结果可能为肠道蠕虫虫卵或其它原虫类（如：人芽囊原虫、纤毛原虫类以及阿米巴原虫类等），其中阿米巴原虫类又可分为：疑似痢疾阿米巴原虫、哈氏阿米巴、微小阿米巴、嗜碘阿米巴以及大肠阿米巴。
痢疾阿米巴原虫主要寄生于肠道，大部分感染者的症状并不明显，但能有可能会侵入宿主的肠壁组织，引发宿主的症状。症状轻微者可能会间歇性下痢或便秘，而症状严重者则会有发烧、血便或含黏液之软便，此外，也有可能引发次发性肠外感染，如肝脓疡、肺脓疡或脑脓疡等，其中又以肝脓疡最为常见。由于痢疾阿米巴之型态与肠道共生原虫E. dispar相同，仅以镜检观察并不易区分。