生物工程专业是国家战略性新兴产业对口专业，面向低能耗、高效率、环境友好、健康可持续的生物产业，以生物学的理论和技术为基础，结合化工、机械、电子计秀意贴习算机等现代工程技术，为解决人类健康、资源、能源、环境等重大课题提供全新的方案。本专业强调基础硏究和应用研究相结合，主要研究方向有生物催化与生物转化工程、生物过程工程、生物资源工程、生物制药工程、纳米生物技术、合成生物技术、仿生功能膜与膜技术等。生物工程专业的目标是培养能在生物技术领域从事原始创新和现代生物过程设计、生产与管理，综合素质全面发展的厚基础、强能力、宽适应的复合型高级人才21世纪中国工业生物技术行业的领军人物。
生物工程专业的培养特色是全过程量身定做的导师制。从2015级起，对本专业优秀的本科学生(个人绩点超出大类平均绩点)按照研究生的培养模式，结合个人发展意愿，指定导师进行全程学业指导，开展创新实践研究，并按照研究生标准发放助研补贴。
专业课程体系以生物工程专业课程为核心，辅以工程、科学、人文等多模块课程学习，进行实践与学习相结合的教育方式。