本系于民国八十九年开始进行筹备会议及规划工作，于民国九十年八月正式成立，定名运动竞技学系，并于民国九十五年三月完成第一届硕士班招生。本系主要致力于培育优秀运动选手及专业竞技运动教练，并进行提升竞技运动之科学研究，以强化我国运动竞技实力，增强运动竞技能力，期提升我国国际形象与表现。之后为求理论与实务结合，期以运动科学理论强化运动竞技表现，于民国一○一年八月与运动科学研究所进行整并，下设运动竞技硕士班与运动科学硕士班。而后为使运动科学能有更多的机会实际应用、使运动竞技训练能有更科学化的分析及规划，于民国一○六年八月取消学籍分组整成运动竞技学系硕士班，并以竞技训练组、竞技科学组分组招生，学位名称教育学硕士。