自治区农村信用社联合社成立于2005年9月，代表自治区人民政府对全区农合机构履行管理、指导、协调和服务职能。区联社机关现设立22个部室（中心），下设南宁、柳州、桂林、梧州、玉林、百色、河池、北海等8个办事处。至2018年9月末，全系统共有91家县级农村合作金融机构（其中县级农村信用联社42家，农村合作银行16家，农村商业银行33家，统称农村合作金融机构，简称农合机构），机构网点2367个，从业人员2.5万多人，是全区人员数量最多、服务网络最广、资产规模最大、资金实力最强、对“三农”和地方经济支持力度最大、纳税最多的一家银行业金融机构。