信息工程学院下设计算机科学系、电子工程系、信息基础教学部、实验中心、航运信息工程研究所和航运信息技术研究所。现有计算机科学与技术、信息管理与信息系统、网络工程、电子信息工程、通信工程5个本科专业；信息管理与信息系统二级学科博士点；计算机科学与技术、软件工程、信息与通信工程3个一级学科硕士点；计算机应用技术、计算机软件与理论、计算机系统结构、通信与信息系统、信号与信息处理、信息管理与信息系统、软件工程等7个学术型硕士点；计算机技术、电子与通信工程、软件工程等3个专业型硕士点。目前学院建有四个交通部专项实验室：水声传感器网络实验室、智能海事网络实验室、水下信息处理实验室、机器视觉实验室。

多年来，信息工程学院在科研方面取得了重大成绩，承担了多项国家级项目，包括863项目和国家自然科学基金项目，并且在今年的国家自然科学基金的申报中，有八位老师申请的项目获批。同时还承担了大量的交通部以及上海市的科研项目，并注重与企业的结合，在科学研究和技术应用方面都取得了丰硕的成果。