廿一世纪将是强调海洋的纪元，高雄市得天独厚，海港天成，是军、工、商、渔多元化的港湾大都市，在各界的期望与支持下，高雄市议会第五届通过修正“高雄市政府组织自治条例”，将原高雄市政府建设局所属之“渔业处”提升层级并扩编新设“高雄市政府港务局”。
继而为配合海洋事务整体发展目标，俾与交通部高雄港务局组织型态区隔，高雄市议会第六届将“高雄市政府港务局”更名为“高雄市政府海洋局”，并于93年1月1日起实施。复于99年12月25日高雄县市合并，整并原有高雄县政府农业处渔业管理科业务，办理大高雄海洋相关事务。
为展现高雄市海洋施政愿景，海洋局以既有的渔业发展基础来拓展海洋事务，辅导海洋产业及海洋休闲游憩提升竞争力，防治海洋污染及维护海洋生态以利永续发展，达成建设高雄市成为海洋首都之目标。