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本院成立于民国五十八年，在先贤筚路蓝缕的开拓下，逐步建立了完整的国防科技与大型系统研发、管理与整合的能量，成为我国国防科技的重要资源。
民国八十三年配合国防部“军民通用科技发展基金”之成立，本院开始推动军民通用科技计划，落实国防科技扩散于民生工业与协助国家经济发展之目标，借由民生产业技术的发展，进而支持军品开发，二者相辅相成，有效提升国力。持续推动国内主要研究机构的互动；藉扩展学术合作研究，增进学术机构参与国防科技之基础研究。今后亦将透过军通科技发展，提升产业技术研发能力，以有效达成“国防自主、科技自主”目标。
“结合民间力量，发展国防科技工业，达成独立自主之国防建设”为国防二法的主要政策之一。本院更将遵此为国防建设与经济发展之紧密结合尽最大努力，达成“全民国防”之终极目标，不负国人期望。