直属中国农业科学院领导。现有6个职能部门、4个研究中心、2个支撑部门、1个所办企业。
及时发布研究所发展重大事件、科研动态、国际国内合作动态、农业环保成果推广动态等，保障农业环保科研和成果最新动态呈现。
致力于解决农业和农村环境问题，开展关键技术攻关、基础与应用基础研究。
坚持人才优先战略，不断吸引优秀农业环保科技人才，造就一支学科专业较齐全、高层次人才集中、人员结构优化科技人才队伍。
利用国内外科技资源作为合作重点，积极组织重大国际、国内合作项目，开展富有成效的国际、国内交流与合作。
目前共有博士生导师14名，硕士生导师49名，在所研究生约160人（含留学生）。
完善科技基础条件平台、打造农业环保科研信息网络和系统，为研究所、中国农业科学院及全国农业环保科技创新工作提供强有力支撑。
认真贯彻党中央各项方针政策，加强精神文明与创新文化建设，党建与科研相结合促进农业环保科技事业发展。
为深入贯彻落实院工作会议精神，对标对表2023年院十项重点工作抓主抓重、落实落细，春节过后，环保所陆续开展系列专题研讨部署推进2023年工作。
按照我院“抓改革、优布局、强统筹、提能力”的总体要求，环保所聚焦主责主业，坚持问题导向，围绕科研力量布局、创新资源统筹利用、人才干部队伍建设、产学研深度融合等破题、解题，先后组织开展了科技创新、成果转化、人才与科研项目统筹推进、平台条件建设、试验基地布局与运行、期刊建设与改革、所办企业做大做强、党建科研互融互促等8个专题研讨，为2023年研究所各项工作理思路、明方向、定目标、谋举措。
通过开展专题研讨，强化顶层设计，推进“举所抓大事”体制机制创新，开展有组织的科研，统筹资源、整合力量，推动研究所高质量发展，持续打造国家农业科技战略力量，为乡村振兴和农业农村现代化提供有力支撑。环保所所领导班子成员、职能部门负责人、创新团队首席、首席助理以及职能部门相关人员参加了专题研讨。