经过检验，发现水鸟的死因是肉毒杆菌中毒。为防止毒素继续扩散，3月11日高雄市农业局、屏科大、高雄鸟会和台北鸟会等单位，合力在双园大桥一带清除了七百多只鸟尸。在搜寻过程中，只要有还活着的水鸟，也会尽快带回去治疗。
中毒情况较轻的水鸟，复原之后，为了让它们尽速回到北返队伍中，已经分批野放到其他状况稳定的湿地。但在这场浩劫中被救活野放的候鸟，还不到一百只。
为什么候鸟会死于肉毒杆菌？病源又是从何而来？其实，肉毒杆菌原本就广泛存在自然界中，在缺氧的环境下，才会开始释放毒素。
过去，台湾也发生过几次候鸟误食腐鱼，肉毒杆菌中毒的状况，今年台南的安南区、高雄茄萣湿地，更发现有黑面琵鹭中毒的案例。十几位社区志工每天轮班到茄萣湿地清除死鱼，看到死鸟也会马上通报，就怕中毒情形扩大，再度波及黑面琵鹭。
既然候鸟因为肉毒杆菌中毒并非个案，为什么高屏溪口的情况，特别严重？仔细观察高屏溪，冬天枯水期时，泥滩地就附上黑色、墨绿色的藻类，水也散发恶臭，在这样水质欠佳的环境中，一旦有鱼死亡，就容易让肉毒杆菌大量繁殖，鸟如果误食死去的腐鱼或腐尸上的蛆，以及被肉毒杆菌污染的其它食物，就会中毒，甚至死亡。
候鸟大量死亡，反映出什么样的生态警讯？循着高屏溪支流，可以找到一些线索。在对岸的屏东境内，流经市区的牛稠溪和另一条支流武洛溪，溪水充满杂质、异味扑鼻。工业、畜牧和生活废水，全部未经处理就汇入高屏溪下游。
鸟是环境指标，只要高屏溪的环境没有改善、污染源没有受到控管，河川生态就只会持续恶化。今日鸟类，明日人类，这群远方来的候鸟，用它们的生命，想唤起人们对河川生态环境的重视。但生活在这条溪两岸的数百万人口，是否听见了它们传来的警讯？