随着兄弟象队的转卖，中信集团接手后，球队更名为中信兄弟队，而二军也顺应更名。首任总教练为林百亨，搭配各司其职的教练团（投捕教练陈瑞昌、打击教练许闵岚）分工合作，季中因应一军教练团调整，一军投手教练叶咏捷转任至二军担任投手教练，带领球队二军的培训与状况调整。2014年季末，领队李文彬宣布不与首批二军教练团续约，改由吴复连担任总教练，自国训队找来李安熙与曾华伟、林恩宇共同负责二军。同一年季中，吴复连升任一军总教练，连同首席教练李安熙也调往一军，改由一军首席教练陈琦丰接掌二军兵符。2016年为提升整体战力与培养新秀，球团方决议聘请前义大犀牛总教练大　威与找来两位专司打击、投球的外籍教练辅佐，搭配本土教练石志伟、林恩宇、陈弘桂、黄仕豪，组成最华丽的二军教练团。