疾管署表示，有民众在网络刊出“流感不危险、最危险的是疫苗，并指控2009 H1N1 年流感是世界卫生组织、美国等国际政府机构、制药公司的阴谋”等等之不实言论，疾管署特此严正声明：
2009年H1N1流感疫苗的制作过程与全世界已使用多年的季节流感疫苗相同，各国在大规模使用后的上市后经验，也支持该疫苗的有效性与安全性。2009年H1N1疫苗和若干年间季节流感疫苗虽然可能在接种后短暂微幅增加格林巴利症候群GBS风险（每百万剂增加1例GBS），但罹患流感后发生GBS的风险更高（每百万次流感就医增加17例GBS）。因此，在流感流行季期间时，接种流感疫苗整体而言可保护接种者免于GBS等急性神经系统疾病
另各国多年研究及文献回顾已排除疫苗（包括流感疫苗）与自闭症关联性。接种流感疫苗是全球科学及公卫界一致认同预防流感最有效的方法，特别是当疫苗涵盖率高时可产生群体保护效应，亦即接种流感疫苗除了保护自己外，也可保护周遭的人。