当医用多效蒸馏水机在使用过程中发现产水量有明显的下降，或在例行检查中发现塔内有明显结垢时，即应进行清洗。

形成水垢的原因主要是进料水中残存的无机盐长时间与设备内壁接触、在较高的温度和压力下形成的。

医用多效蒸馏水机中产生的水垢主要有两种，一种是锅炉水垢，另一种是二氧化硅水垢，清洗时应采用不同的清洗剂：

1、对锅炉水垢，可用氨基磺酸(NH2SO2OH)，使用时用去离子水配制成浓度为1％的清洗溶液，其PH值在所1~2之间，并加热到60℃左右。也可用磷酸(H3PO4)，使用时用去离子水配制成2％浓度的清洗溶液，并加热到65℃左右。