马偕纪念医院创于1880年，100多年来从事医疗传道，造福无数病患。近年来医疗生技快速进步，体会到没有基础研究及教学的支持，临床服务有其局限，传承不易，医疗人员服务奉献的热情亦日渐淡薄，有感于此，马偕纪念医院的董事会遂于1995年开始筹设医学院，立意以耶稣基督救世服务人群的爱心，效法马偕博士“宁愿烧尽，不愿锈坏”之精神，结合马偕纪念医院之临床医疗基础、充沛之研究与教学能力，培育富有尊重生命、关怀弱势族群之医疗专业人才，并以基督信仰为基础，提供学生“身、心、灵完整医治”之全人医学教育训练，设校兴学。历经多年的努力，于1999年3月成立医学院筹备处，5月聘高铭宪教授为筹备处主任;2005年9月8日第一届董事会选出林建德董事长;2008年5月聘方菊雄筹备处主任，2009年1月第二届董事会选出黄俊雄董事长，2月通过立案申请，4月教育部通过任用魏耀挥教授为首届校长，7月医学系及护理学系招生。