首先是本作的主题曲确定为 西野カナ 的新曲“Girls”，本曲的 CD 将会在游戏发售后的7月26日发售。

《雷顿神秘之旅》将会追加可替换服装和侦探社装饰功能，玩家在游戏中可以为女主角“卡多莉”更换不同的服装，且这些可替换服装都是由日本知名设计师设计，在 3DS 版本中玩家可以通过使用游戏内的特别金币购买，在手机版中玩家需要课金购买。此外，在本作中玩家也可以自由装饰自己的侦探房间了，装饰家具通过可以在游戏中获得交换券兑换。

此外，官方也公布了 3DS 下载版的特典为“卡多莉”的服装“アロマ风の服”，这套服装在《雷顿教授和不可思议的小镇》和《雷顿教授和最后的时间旅行》中均有登场。