澎湖东屿坪的珊瑚礁总体检共有2个调查区域、共3次调查数据，根据底质调查，加总石珊瑚以及软珊瑚的结果显示此处的珊瑚礁覆盖率为29.375%(西侧3m)、33.75%(七尺门3m)、30.635%(七尺门6m)，三个调查点所占比例最多的为岩石(48%~61%)，而西侧海域的沙的分布则明显比南侧多，除此之外以岩石为主的南面七尺门海域则有较多的软珊瑚(约24%)；另外，调查时间为莲花台风和莫拉克台风过后，因此调查期间也观察多许多断裂的珊瑚礁碎片。
七尺门3米_33.75% / 七尺门6米_30.635%
除了底质所显示的珊瑚礁覆盖率，东屿坪的指标鱼类以及指标无脊椎动物的调查皆有不错的结果，在常见指标鱼类-碟鱼方面记录到每20米平均5.75~12.5只，并且在其他地点少见的鹦哥鱼也记录了每20米7.5~15只；此处的指标无脊椎物种也有令人惊讶的结果，此处记录到为数众多的海参，最高数据出现在东屿坪西侧，平均每20m便记录到138.5只海参。