SS2000是这样一种系统，它可在单细胞水平上自动对细胞的特定区域或整个细胞进行采样，同时使用共聚焦显微镜对培养中的细胞进行成像。因为不需要分离培养中的细胞，所以可以保留位置和形态信息。

可以在单细胞水平上对细胞内成分进行采样。这包括难以通过生化方法取样的细胞内成分，例如没有脂质膜的细胞器。

保持位置信息的同时进行采样，可以对癌细胞相邻的正常细胞和远离癌细胞的正常细胞进行采样和分析。

可以在保持形态信息的同时进行采样。允许对具有不同形态变化的细胞进行采样和比较。

可以针对神经元的不同部分，例如细胞体或轴突进行采样。

可以对特定细胞，或显微镜下具有特定行为的细胞进行单细胞克隆。例如转染细胞或抗病毒细胞。通过结合各种图像分析技术，可以实现准确高效的克隆。

可以在同一个孔中收集多个样品，用于所需样品量的分析。