ORIGIN陪同上司罗拉･法尔米、同事广濑舞，一起出差到京都的“人工智能研究所”。在那里，突然遇到兄弟机器人“艮”袭击，无情的杀戮开始。要保护广濑舞，但又不能暴露真正身份。ORIGIN拜托藏在地底的人工智能“Y”删除自己所有行动纪录，投身没有胜算的战斗！
西历2048年，东京。北半球欧亚铁路开通后，各种罪恶流入这个远东的巨大都市。每晚都有不可能是人类所为的残杀尸体在暗处被发现。毫无理由地杀人的神秘凶手，还有追捕凶手的男人，人们仍然未知道他们存在！
不起眼的中年男人．空岛次郎，某天突然跟名叫娜美的女子展开了同居生活。
而她的目的，是要报不知是谁干的“杀父之仇”！