较早前 jQuery 推出新版本，声称效能提高 300%，在差不多时间 Prototype 的最新版本也表示改善了效能（当然还有其他安全性的改进），所以 Piotr Solnica 决定比较一下 jQuery 和 Prototype 在不同浏览器上的表现，他在 Firefox、Konqueror、Opera 和 IE 上执行他的测试测网页，网页会执行九项操作，每一项都分别用 jQuery 和 Prototype 执行一次，为了公平起见，每两项操作之间都分隔三秒。时间的量度精度达到千分一秒，为了进一步提高公平性，这个网页会在每一个浏览器上执行三次，取执行时间的平均值。测试的结果可以观看 Piotr Solnica 的列表。
我个人会选择 Prototype，因为它有 jQuery 的所有功能，还有一些 jQuery 没有的，它也比 jQuery 跑得快，对于一些需要炫目界面的项目，jQuery 可能比较适合，但只是仅此而已。这是我的看法，若你认为我错了欢迎指正……”