防治时应根据不同防治对象有针对性地选择适用的烟剂，目前常用烟熏剂主要有10%百菌清烟剂、10%腐霉利烟剂、10%敌敌畏烟剂（熏虱定）等，如果发生多种病虫害，可以用复合烟剂进行防治。例如防治大棚番茄、黄瓜叶霉病时，可选用腐霉利烟雾剂；防治大棚黄瓜霜霉病、疫病、番茄早疫病、晚疫病时，可选用百菌清烟雾剂。
一般把烟雾剂放在走道或浇水沟上，开始均匀布点，一般每亩设3—5个燃放点。然后封闭温室大棚，由内向外依次点燃。注意吹灭明火，连续熏烟5—6小时后，即开棚通风，每隔7—10天熏烟1次，连续熏2—3次。注意在使用烟熏剂后一定要在通风后，人员方可进入大棚进行农事操作。在阴雨天白天施药后需密闭4—6小时后才可放风作业。
防治病害最好在发病初期开始应用，在发病初期只需燃放1次即可达到防治效果。发病中后期一般每隔7—10天用一次，连用2—3次。如果病虫害严重或温室大棚密封性能差，可适当增加用药量或缩短施药间隔期。
根据温室大棚空间的大小，按照烟雾剂标签的推荐用量来确定用药量的多少。施放烟雾剂最好在傍晚日落后进行，以让其在夜间烟熏，因这期间更有利于烟剂的雾粒下沉，防治效果更加理想。如遇阴、雨、雪天气，白天可照常进行。