澳门慈幼校友会早于一九三二年成立，因当时澳门社会的社团组织没有强制性、亦没必要注册立案，故此本会一直以来没有登记立案。但时代变，本会因应实际环境的需要，取得社会认同的合法地位，经召开会员大会后，于一九九六年四月三日向政府注册立案。同时，校友会原名是澳门慈幼鲍思高同学会，鉴于长期与澳门鲍思高同学会的名称相混淆，故趁注册立案时将会名改为现时的名字—澳门慈幼校友会。
校友会各委员的任期为两年一任，连选得连任，但会长的任期最多只可连任两届。第二次世界大战期间曾断断续续暂停了一段时间。欠世界大战期间曾断断续续暂停了一段时间，故此至今只是第廿八届。历任会长计有:吴织楠、曹思桦、盛熊运、施荣秀、盛光运、黄文生、彭彼得、高远谋、梁先导、吕常胜、郑铁城、钟景鸿、吴国强、何济泉、黄伟杰、吕常新、王耀荣，而现任会长是黄伟杰。
为更好延续校友会的使命，本会已于二零零六年中成立青年委员会，并于慈幼中学百周年校庆回校日上举行就职礼。青委会的成员皆为年轻的校友，其理事会各成员由他们自行互选。监事会成员则由校友会委派，望能对他们起指导作用，及示意有整个校友会在背后支持。该会将主力举办适合年轻人的活动，例如球赛、旅行、园游会、舞会等等；另一方面，校友会有活动时又可指示他们作配合，可起互补作用。适值二零零六年为母校建校百周年，成立青年委员会，对校友会有重大意义。另因应社团法的要求，本会于2008年改为三会制度，让校友会能在会务上有大的发展。