仁慈堂博物馆是澳门仁慈堂文化使命的充分体现，创办于2001年12月14日，设立博物馆的目的是宣扬仁慈堂这个与澳门数百年历史紧密交织的机构，丰富的馆藏反映了天主教教会的发展及东西方文化和睦共存的史实。
博物馆的馆藏是仁慈堂珍藏的一部分，是本会超过四个世纪历史的缩影，这里收集及展示的展品相当精致，包括代表仁慈堂的文物和天主教教会有关的祭品用具及宗教艺术品，饰品和其他众多历史传承下来的作品，其中最瞩目的是1662年的“澳门仁慈堂章程”的原始手写稿。
博物馆位于仁慈堂的主楼内，主楼是建筑遗产中的重要部分，在2005年被联合国教科文组织评为世界文化遗产。
博物馆每日登记参观人数约150人。
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