棉花黄、枯萎病传播途径广，病菌存活时间长，在新疆的发生现状是发生情况复杂、危害重、蔓延快，老病区黄萎病、枯萎病混生，单一病区也有向混生发展的趋势。因此，在防治上应当统筹兼顾，坚持“预防为主、综合防治”的植保工作方针，在防治策略上应当认真执行“保护无病区、控制轻病区、消灭零星病区、改造重病区”。

1 加强植物检疫、保护无病区 严格执行植物检疫制度，在普查的基础上，划定重病区、轻病区、零星病区、无病区。

严禁病区种子、带菌棉籽饼和棉籽壳等调入无病区。

2 选用无病种子、建立无病留种基地 加强产地检验，选用无病区种子，在各地区棉花生产基地建立无病种子供应基地，并做好提纯复壮，增强种子质量和抗病性。

3 种植抗病品种、改造重病田 推广种植抗病品种是防治棉花黄、枯萎病危害、改造重病区的一种经济有效地防治措施，在种植抗病品种时，一方面应当注意做好提纯复壮工作，确保种子纯度，配套品种栽培管理体系，避免单纯依赖品种自身抗病性；另一方面，应当在县团以上棉花生产基地，建立抗性品种培育和筛选基地，根据市场及品种抗病性表现，确立后续抗性品种，避免因品种抗性退化造成损失。

4 实行轮作倒茬 在重病田采用水稻、小麦、玉米、高粱、苜蓿等作物与棉花轮作，轮作年限最少应在3～5年，可减轻棉花黄、枯萎病的危害，有条件的地方，最好采用稻棉轮作，可有效防治两病的发生危害。

5 种子处理 棉籽应当采用硫酸脱绒处理。处理后的棉籽可采用80%乙蒜素EC 2 000倍液，加温至55℃～60℃，浸种0.5h，或用含有效浓度0.3%多菌灵SC药液，在常温下浸种14h，晾干播种。