影响籽棉衣分高低的因素主要有以下几种：
一、棉种和品种
籽棉衣分与棉种和品种以及品种纯度密切相关。在同一棉种里，不同品种的棉花其衣分相差也很大。同一品种的棉花，品种纯度越高，衣分也越高；反之则越低。原种退化以后，衣分会显著下降，严重的会降低4%以上。
二、土质
各地区种植的棉花，由于土壤的粘、沙、盐碱程度和肥瘦程度不同，棉花的生长发育受到不同程度影响，同品种的棉花，衣分也会有明显的差异。
三、气候
各年度的气温、雨量不同，导致籽棉衣分有高有低。气候条件适宜，棉纤维发育正常，衣分较高；反之衣分就低。
四、栽培管理
棉花是栽培技术很强的农作物，凡实行科学种棉的，籽棉衣分高；如管理不善，耕作、施肥、灌溉和田间管理不当，衣分就低。
五、成熟期
由于棉铃有“自下而上，自内而外”的螺旋形生长规律，所以不同成熟期的棉花衣分会有明显的差异。
六、病虫害
棉花在生长过程中，因病虫害的影响会形成一些僵瓣棉，混入正常的籽棉中。僵瓣根据其软硬程度，又可分为软僵和硬僵，软僵在轧花时可以松解开来，主要影响棉花品级，对籽棉衣分影响不大。而硬僵在轧花时不易松解，往往随棉籽或杂质一同排除，对衣分影响很大。
七、试轧机状态
试轧机状态不同对衣分影响较大。锯齿机试轧时，毛头大、不孕籽含棉率高的衣分偏低，反之就偏高；皮辊机试轧时，漏花多、毛头率偏大的衣分就偏低，毛头小、破籽、黄根多的衣分就偏高。
八、籽棉水、杂含量
籽棉中的棉籽和棉纤维吸收和散发水分的速度不同，棉纤维速度较快，棉籽较慢。这种吸收和散发水分速度上的差异，常使棉纤维和棉籽含水不一致，导致棉纤维和棉籽的重量发生变化而影响衣分的高低。一般籽潮衣干的籽棉测得的衣分偏低，籽干衣潮的衣分测得的偏高。另外，棉花在生长、采摘、轧花等过程中所产生的杂质，如碎叶、铃片、小棉枝以及其他细小杂质，对衣分也有一定的影响。
影响棉花的实售衣分的因素：
1、棉种内在衣分
即棉花品种本身的实际衣分，目前高衣分的棉花也很多，有部分棉花品种衣分可达50%；这是棉花品种自身所得出来的普遍的衣分数值。该数值越大，说明衣分越高，未来实售衣分越高。
2、土壤质地
土壤质地对棉花的衣分影响，一般是沙性地衣分偏低，胶泥地衣分偏高，一般可以相差1-2个衣分数值；
3、水源情况
水源分为水源和水次（即浇水次数）。
水源：分为井水和湖水，一般井水由于水温度凉，水味咸的因素，会造成棉花品种衣分偏低；湖水衣分偏高；
水次：一般能够满足正常棉花生长的水次是能够促进衣分提高的，若棉花受旱，则会降低棉花的衣分。
4、施肥因素
棉花纤维的生长是受到土壤中各类营养元素的综合平衡作用。
一般土壤中有机质含量高，则棉花衣分较高，反之则低；
一般前期后期施用钾肥，则棉花衣分较高，反之则低；
棉花的施肥还会影响棉花的早衰，这对棉花的衣分也是有影响的，早衰会降低棉花的衣分；
所以棉花要各阶段平衡施肥，则会对棉花的衣分较好。
5、气候因素
气候因素在新疆主要与温度、雨水等因素有关。
一般在花铃期，温度超过35℃，则棉花的纤维生长受阻，会降低棉花品种的衣分；
雨水较多会造成棉花的早衰-红叶茎枯病，对棉花的纤维生长也会造成影响，早衰的棉花衣分偏低。
6、棉花的采摘批次
棉花分为底部花、中部花和顶部花，一般中部花的衣分是最高的，顶部花的衣分相对偏低。
7、扎花厂衣分测定
扎花厂的实测衣分与扎花厂的衣分测定机和各个扎花厂的收花有关。
衣分测定机主要与其扎衣分的秒数有关，一般国标是55秒，时间越短，则衣分越低，一般达到45秒左右，会降低1个衣分，35秒左右，会降低2个衣分；25秒左右，会降低3个衣分；
不同扎花厂所测定的衣分也是不一样的，同样一批棉花到A扎花厂和到B扎花厂其衣分也是不同的。
所以品种不能决定衣分，如中科55号，实际衣分为45%-46%，到扎花场的实测衣分最后一般在42%左右；中科67号实际衣分为43%-44%，到扎花厂的实测衣分也就是在41%左右。
另外，籽棉收购时水分跟杂质含量超标，也是导致衣分降低的原因之一。
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