肾痛最常见的疾病是急性肾盂肾炎，是由膀胱、输尿管逆行细菌感染至肾脏引起的感染性疾病，可引起发热、肾痛等症状。也可见于输尿管结石，多为单侧疼痛，因结石阻塞输尿管，导致梗阻肾病，导致肾盂扩张及扩张囊性疼痛。肾囊肿感染也可导致肾区疼痛，严重感染可导致血尿和发热。此外，局部创伤也会导致局部疼痛。